Не совсем понял точную последовательность действий, как загружаете готовую конфигурацию.
Возможно проблема в том, что в старой конфигурации параметры подключения от старого модуля (отображаются на вкладке "Параметры подключения" на вкладке устройства).
Т.к. программа может работать с системой из нескольких модулей (каждый со своей конфигурацией), настраивая одновременно всю систему, то параметры подключения к модулю входят в конфигурацию.

Для записи в новый модуль параметров от другого нужно поменять параметры подключения (точнее ссылку на устройство в конфигурации, состоящую из типа модуля и параметров подключения к нему).

Возможная последовательность действий:
1. Загружаете конфигурацию старого модуля в интерфейс программы, либо сохраненную из файла, либо подключаясь к старому модулю и вычитывая из него.
2. Изменяете параметры подключения, одним из двух способов:
- по найденному модулю в сети: заходите в "Обзор устройств в сети", нажимаете правой кнопкой на модуль из "Устройства из конфигурации" и выбираете "Изменить ссылку на устройство..." после чего выбираете обнаруженный модуль в сети и подтверждаете. Параметры подключения поменяются на новые.
- вручную: на странице конфигурации "Устройства" также правой кнопкой мыши можно нажать на строку устройства и выбрать "Изменить ссылку на устройство", после чего вручную указать либо сетевое имя, либо IP адрес, по которому нужно подключаться.

А версия прошивки у Вас какая (отображается в конфигураторе при подключении на странице устройств)? Текущая 1.0.7, если у Вашего модуля ниже, то необходимо обновить. Файл прошивки можно взять отсюда https://www.lcard.ru/download/vi101_fw.lbmf и обновить из конфигуратора.

Да, для задания 1/3 гармоники два знака действительно мало, обновил на сайте архив ViConfigurator ( https://lcard.ru/download/viconfigurator.zip - должна быть версия 1.0.6), где увеличил до 6 количество знаков после запятой (может нужно будет вручную поле растянуть, т.к. программа размер поля запоминает).
В остальном пока проблемы в работе не вижу. Конфигурацию/скриншоты работы нужны или уже разобрались?

Ок, с этим крейтом тогда значит все нормально.
С первым видимо что-то случилось при перепрошивке...
Можете еще попробовать выключить питание крейта проблемного на продолжительное время, отключить от USB и далее уже зажать сразу кнопку сброса и при зажатой включить питание и после включения секунд через 10 отпустить нажитие кнопки сброс, чтобы крейт сразу в резервную прошивку вошел после включения питания  (где не светятся свтодидоы), потом подключить по USB к ПК. Если после этого так же по USB не будет нормально виден (останется ка неизвестное устройство), то тогда в ремонт отправлять...

А как виден этот старый крейт в LTRManager? Тоже без модулей? При этом он вообще не показывает слоты или показывает слоты пустыми? Можете скопировать журнал из LTR Manager после подключения этого старого крейта.

Если нужно именно работа через LTRServer, то скорее всего это из-за прошивки крейта. Можете посмотреть в LTR Manager, если она 3.0.0.17, то можно изменить на старую. Скачать и разархивировать архив https://www.lcard.ru/download/ltr_eu_8_16_fw2000.zip, далее в LTR Manager правой кнопкой по крейту, подключенному по USB, выбрать из меню "Обновление прошивки крейта" и выбрать файл ltr030-bf-vdk.ldr из содержимого архива. После записи и переподключения питания версия станет 2.0.0.0. С ней LTR Server должен работать.

Возможно какая-то проблема с масштабом, если значения слишком малы и сигнал не виден на уровне шумов. Что за значения maxVoltage и maxValueInFile и чему равны? При этом LTR34 16-битный ЦАП и коды в нем от -32768 до +32768, а LTR35 - 24-битный и коды соответствующие диапазону в нем -LTR35_DAC_SCALE_CODE_MAX и +LTR35_DAC_SCALE_CODE_MAX (6 291 456), т.е. сигналы с одним и тем же макс. кодом будут иметь многократно разные амплитуды на LTR34 и LTR35. Сигнал отсутствует на обоих?

Добрый день.
Если настроите этот параметр, то после запуска в программе сбор сразу не начнется, а модуль перейдет в режим ожидания фронта сигнала на этом входе. Аппаратно в модуле есть только режим старта по внешнему сигналу, а останов сбора идет всегда по команде с компьютера программным образом, как уже заложено в ПО верхнего уровня. В LGraph2 останов доступен по кнопке или по завершению времени сбора.  Возможности останова по изменению внешнего сигнала (подобно этой теме в LMS - https://www.lcard.ru/forums/viewtopic.php?id=10832) в LGraph2 нет. Кроме того, состояние входа START на LTR11 нельзя опрашивать как дискретный вход общего назначения, он служит только для запуска сбора, поэтому в принципе даже в своем ПО останов по внешнему сигналу именно на данном входе на верхнем уровне сделать нельзя, если только по изменению сигнала на входе разъема синхронизации крейта или дискретному входу других модулей.

А какой именно у Вас DEVICE_ADDRESS?

Т.е. если заменить только библиотеку ltr11api и ltrapi, но не заменять билиотеку ltr43api, то работает и на новом крейте с новым модулем?
А если с новым крейтом на 2.0.0.0 и новым модулем и новой билиотекой?
И старый модуль в новом крейте заработал у Вас тогда именно с новой библиотекой?

И можете написать серийные номера старого и новго LTR43 и крейта?

А библиотеку Вы тоже обновили на последнюю как и с LTR11?

Оба модуля проверяете на одном и том же ПК, на одной и той же программе? И подключаете тоже по RS к одному и тому же экземпляру внешнего устройства (с которого считываете данные по RS)? Меняется исключительно только крейт и модуль? Или что-то еще?
Кстати, есть возможность переставить модуль в другой крейт, раз Вы его судя по всему разобрали и проверить, не влияет ли сам крейт? И какая версия прошивки второго крейта (отображается в LTR Manger, на скрине у Вас 3.0.0.17 - это на сколько я понимаю новый?)

И что за переменная "EnableModbusWork" в программе?  Как будто идет попытка защиты от вызова из разных потоков. Она все же из одного всегда вызывается?