Ещё одна попытка...
Не смотря на то, что ресурсы в виде обычных портов плате вроде бы и назначаются, но работать через них у DOS'ской библиотеки не получается.  Давайте посмотрим как с этим делом у штатной утилиты PlxCm. Поэтому опять запускаем PlxCm.exe, вводим команду pcr и делаем скрин_1. Теперь на экране находим строчку следующего вида:

014: 0000KLMN  PCI Base Address 1

Используя число KLMN (hex), можно получить базовый адрес портов для доступа к локальным конфигурационным регистрам Addr = KLMN - 1. Например, пусть KLMN = D081, тогда Addr = D080. Теперь следует ввести команду il Addr 58 (для примера это команда il D080 58) и сделать скрин_2.

К сожалению строчки 014: 0000KLMN  PCI Base Address 1 нет

После запуска PlxCm.exe необходимо ещё ввести команду pcr. Тогда и должна появится искомая строка.

Опять немного не так. Исходя из картинки выше команда должна быть такой: il b100 58.

1. Интересно, а почему у Вас плате L-783 всё время назначаются разные порты доступа: D000, E080, B100 и E000? Вы всё время вставляете плату в разные PCI разъёмы? Или в разные компьютеры?
2. А последние картинки точно делались на мат.плате AIMB-781?

Порты доступа D000, E080 были на изделии с мат. платой  AIMB-781, в нем стояли 2шт.  L-783. На сегодня изделие разобрано...
Порт  B100 на изделии с мат. платой MSI B75A-G43 где L-783 используется под Windows и работает, но под ДОС внешнее проявление такое же - изделие в рабочем состоянии и доступно для экспериментов.
Порт E000 на изделии с мат. платой  AIMB-78 и 1 платой L-783, пока доступно. Если в ближайшие 2-3 недели не найдется решение, будет разобрано.

1. Я надеюсь, что под AIMB-78 имеется в виду всё-таки AIMB-781.
2. Давайте проведём 'чистый' 'эксперимент на компьютере с мат.платой AIMB-781. Включаем питание компьютера и загружаем только DOS (без захода в Windows). Потом запускаем утилиту PlxCm и последовательно выполняем команды pcr, lcr и il (с соответствующими параметрами). После чего запускаем утилиту PlxRegs. Все полученные скрины, как обычно, выкладываем здесь.

Ну вот... Совсем другое дело. Сразу видно, что доступ ко всем регистрам мк. PLX9030 происходит совершенно штатным образом. Причём правильно отрабатывает как PlxCm, так и PlxRegs.
Теперь делаем следующий шаг:
Используем всё тот же компьютер с мат.платой AIMB-781. Включаем питание компьютера и загружаем только DOS (без захода в Windows). После чего запускаем обновлённую утилиту PlxRegs. Полученный текстовый файл, как обычно, выкладываем здесь.

************************************************
Вывод PCI и LOCAL регистров мк. PCI9030/PCI9050
************************************************

Работаем с платой  L783:
   PciChipType      0x9030
   LocRegsAddr      0xE000
   IoAddr           0xE080
   HighMemoryAddr   0xFE400000
   LowMemoryAddr    0x00000000
   IRQ Number       5

   PCI регистры:
     PCI:00h      0x903010B5
     PCI:04h      0x02800003
     PCI:08h      0x0680000A
     PCI:0Ch      0x00000010
     PCI:10h      0xFE410000
     PCI:14h      0x0000E001
     PCI:18h      0x0000E081
     PCI:1Ch      0xFE400000
     PCI:20h      0x00000000
     PCI:24h      0x00000000
     PCI:28h      0x00000000
     PCI:2Ch      0x4C373833
     PCI:30h      0x00000000
     PCI:34h      0x00000040
     PCI:38h      0x00000000
     PCI:3Ch      0x00000105
     PCI:40h      0x00010001
     PCI:44h      0x00000000
     PCI:48h      0x00000000
     PCI:4Ch      0x00000003
     PCI:50h      0x00000000

   Local регистры:
     LOC:00h      0x0FFFFFF1
     LOC:04h      0x0FFF0000
     LOC:08h      0x0FFF0002
     LOC:0Ch      0x0FFFFF01
     LOC:10h      0x00000000
     LOC:14h      0x00000001
     LOC:18h      0x00000001
     LOC:1Ch      0x00000000
     LOC:20h      0x00000000
     LOC:24h      0x00000000
     LOC:28h      0x80408042
     LOC:2Ch      0x80408042
     LOC:30h      0x80408042
     LOC:34h      0x80408042
     LOC:38h      0x00000000
     LOC:3Ch      0x00001001
     LOC:40h      0x00000000
     LOC:44h      0x00001801
     LOC:48h      0x00000000
     LOC:4Ch      0x05000012
     LOC:50h      0x1101C500
     LOC:54h      0x00000D72

   Информация о модуле:
     ревизия:                    C
     серийный номер:             3D772509
     тип сигнального процессора: ADSP-2185
     частота кварца:             20000.00 кГц

Исходя из приведённых выше данных можно сказать следующее:
Именно эта плата L-783(3D772509) должна вполне штатно работать именно с этим компьютером(AIMB-781). Можно для проверки запустить любой штатный софт, например, PARAMS.