При использовании LTR-EU-2-5, модуль LTR11, L-Graph 2 (2 рабочих окна) строит некорректные графики, возникают две основные проблемы: отрицательные импульсы, которых не должно быть, и данные первого окна будто налаживаются на данные второго окна, графики почти одиниковы, чего быть не может быть, ранее, при использовании LTR27, такого не наблюдалось, что могло случиться?

Валерий, например, это вполне могут быть проблемы некорректного подключения или согласования LTR11 с источниками сигнала.  В Руководстве пользователя , п.5.4.4 описаны требования к низкоомности источникам сигналов.

Также читайте статью FAQ: http://www.lcard.ru/support/faq/cross_ch_eff_problem

Для выдачи рекомендаций по подключению и настройкам LTR11 сообщите типы источников сигналов (желательна ссылка на документацию). Как далеко расположены источники сигналов от LTR11?

менее 1 метра

Большое спасибо, про источники сигнала спрошу у научного руководителя

Валерий,  здесь можно обсуждать схемы измерений для решения конкретных физических задач измерения.
Cтудентам и аспирантам должны помочь разделы Терминология и FAQ на этом сайте.