Конфигурация следующая:
АЦП - e14-140m
Используются первые четыре канала, все в дифференциальном режиме.
Первые два работают совмесно с усилителями LP-04. Диапазон 0.65В
Третий и четвертый используются как дискретные. Входа "Х3" и "Х4" опрашивают датчики, входа "У3" и "У4" сидят на корпусе.
Все остальные аналоговые входа тоже сидят на корпусе.

Возникла трудность следующего характера:
На первом входе накладывается сигнал с четвертого.
После некоторых экпериментов с PowerGraph оказалось, что "сквозняк" исходит не от четвертого входа, а от последнего из используемых. Т.е. если я в PowerGraph использую всего три канала, то наложится сигнал с третьего. Если использовать пять каналов, то наводка будет с пятого (наверное). В моем случае наводка отсутствует, поскольку пятый канал - на корпусе.

Проблема в том, что АЦП используется совместно с софтом, написаным ранее. Софт используемый с ЛКард был написан под прошлую версию (на АТМеге). В прошлых ЛКард такого эффекта не наблюдалось, вродебы. Что-то исправить в софте - затруднительно.

Что посоветуете, как быть?

Али, как я понял, софт Вы используете тот же,  а поменялось что-то в аппаратуре? Я подразумеваю подключение, длины кабелей, уровни подаваемых  сигналов.
А старый E14-140 у Вас есть, чтобы достоверно сравнить его  поведение с новым  E14-140-М для одних и тех же условий?

Софт используется старый, но за достоверность не ручаюсь. Программист некоторое время не доступен, спросить пока, что не получится и что-то поправить - тоже. Лкарда прошлой версии нет и наверняка уже и не будет. В настоящее время проблема не очень актуальна, но понять ее происхождение я считаю обязательным на будущее. На софт грешить не стоит, на наводки входов, проводов и прочего - тоже, так, как проблема повторяема на PowerGraph. Датчики менялись местами, - проблема неизменна.

Причины повышенного межканального прохождения перечислены здесь:
http://www.lcard.ru/distortions.pdf
Могу только подтвердить, что между E14-140 и  E14-140-М не видно разницы по межканальному прохождению для одних и тех же электрических условий и одних и тех же программных настроек.

Али, в первую очередь посмотрите, нет ли перегрузки по уровню на последних каналах и можно ли снизить там напряжение, чтобы оно не было <<высоким>> по сравнению с напряжением на первых каналах.
Если позволяют условия эксперимента, попробуйте снизить частоту дискретизации или внести межкадровую задержку (она как раз вставляется между последним каналом предыдущего кадра и первым каналом следующего).

Кстати, резкая зависимость от частоты опроса поможет отличить коммутационные помехи (см. статью) от наводок на провода. Можно поставить заведомо очень низкую частоту дискретизации и сравнить.