Нужно подключить к одному АЦП Е14-440 дифференциальные источники и однофазные в заземленном и незаземленном вариате. Как грамотно это сделать, исключив возможные помехи?
Я пользуюсь программой регистрации PowerGraph -  корректно ли задавать разный тип подключения каналов.
Заранее спасибо.

Принципиально можно подключить к E14-440 источники этих типов. Правда, что Вы подразумеваете под "незаземлённым вариантом" -- не совсем ясно.
Специально для Вас были написаны статьи:
http://www.lcard.ru/publ-11.php3
http://www.lcard.ru/distortions.pdf