Недавно приобрели модуль Е-440, изучив документацию появились следующие вопросы:
1. Первый вопрос по поводу подключения каналов
Можно ли установить 1-й и 2-й каналы на дифференциальный режим, а  остальные подключить с общей землей?
2. Возможна ли на Е-440 организация упреждающего чтения?
3. Как установить для разных каналов различную частоту опроса?

2. Не совсем понятно, что такое "упреждающее чтение"?
3. Режим разночастотного сбора данных на модуле не поддерживается ((

Ответ на вопрос 1:
Да, это возможно. Только помните, что все эти источники сигналов должны быть подключены к E-440 по трехпроводной схеме:
- дифференциальные к точкам  X, Y, AGND.
- c общей землей(однофазные) к точкам X(или Y), GND32, AGND.
Полезные рекомендации по способу соединений можно найти  http://www.lcard.ru/publ-11.php3

Уточню. В вашем случае:  2 канала дифференциальных и максимум 28 однофазных.

По поводу опережения:
АЦП настраивается на режим запуска по внешнему  сигналу и запускается по какому-то Uпорог = X, необходимо получить данные которые предшествовали этому моменту, хотя бы 2-3 млс.

В штатном ПО такого режима нет

А Вы введите дополнительный канал и запускайте АЦП с него за 2-3 млс до начала вашего сигнала.
А если время прихода не детерминировано, можно читать данные постоянно в буфер размером 2-3 млс, анализируя наличие сигнала в текущем буфере, ну и сохранять предыдущий.

Упреждающее чтение организовано ИМХО всегда одинаково. Просто надо читать непрерывно, а дальше анализировать где находится импульс запуска.