Пример ReadDataSynchro (немного изменен – IDE Borland C++ Builder 6, DataStep = 4*1024, IsCommonGnd = true; ap.InterKadrDelay = 0.238 ms) с модулем E14-440 (S/N 7R2237161) нормально работает при однократном вызове. Повторный вызов заполняет ReadBuffer отрицательными константами -8253. Для возвращения нормального вызова надо «перетыкнуть»  USB разъем  E14-440 или перезагрузить ОС. Используется ноутбук HP Omnibook XE 4500, ОС WINDOWS XP, два порта  USB (один для «мыши», другой  E14-440). 
Могу представить все листинги (текст и вывод на экран ReadDataSynchro, файлы с содержимом ReadBuffer) . Нечто подобное и с SynchroInput. Графики начиная примерно через 2 сек (8192/4000) смещаются вниз в область отрицательных  значений и «пропадают» с экрана. Но что удивительно, утилита L-Graph 1 нормально себя ведет !!! Вывод на экран идет стабильно, при повторном вызове не требуется никаких дополнительных действий.

Засылайте Ваши исходники ReadDataSynchro. Попытаемся воспроизвести ситуацию.