Здравствуйте.
После холодной загрузки (включения питания) АЦП платы L791 не опрашивается. После перезагрузки без отключения питания — работает нормально.

Железо: мат.плата H81-P35 (MS-7820), Intel(R) Celeron(R) CPU G1820 @ 2.70GHz
плата L791 v3 c прошивкой 3000401
версия драйверов для Linux — 1.51,  последняя с сайта.
OC пробовала разные версии  Ubuntu — симптомы одинаковы.

Cейчас, например, под Ubuntu 12.04.4 LTS c ядром
Linux RDU 3.13.0-27-generic #50~precise1-Ubuntu SMP Fri May 16 20:48:31 UTC 2014 i686 i686 i386 GNU/Linux
на 64-битной системе той же версии и на Ubuntu 14.10 х64 проблема также проявляется.

При холодной загрузке:
Jun 25 12:55:49 RDU kernel: [    0.175745] pci 0000:04:03.0: reg 0x10: [mem 0x00000000-0x00000fff]
Jun 25 12:55:49 RDU kernel: [    0.223979] pci 0000:04:03.0: BAR 0: assigned [mem 0x7e600000-0x7e600fff]
Jun 25 12:55:49 RDU kernel: [    2.852726] ldevpcibm 0000:04:03.0: enabling device (0000 -> 0002)

Результат наблюдений за отличиями холодной и горячей загрузки
При холодной загрузке в первой строке адрес  mem 0x00000000, есть сообщение enabling device
при горячей:  в первой строке тот же адрес, что во второй, нет сообщения enabling device.

Здравствуйте.
Есть ли настройки в BIOS-е этой материнской платы, относящиеся к ACPI и к начальной задержке после включения?
Вообще, какие есть настройки в BIOS-е этой материнской платы, относящиеся к шине PCI?

Начальной задержки после включения не предусмотрено.

Из настроек, имеющих отношение к PCI, только «Таймер PCI Latency» = 32 (минимум). Установка на максимум = 248 не решила проблему.
Из настроек ACPI — только индикатор питания.
Есть отдельный раздел с большим количеством настроек разгона, все установлены в «Auto». При этом тактовая частота процессора соответствует паспортной.

Посмотрите в настройках биос пункт типа  - PnP OS Installed или что-то подобное. И установте его в No.

B настройках биосa нет пункта «PnP OS Installed». Из настроек, имеющих отношение к ОС, есть «Windows 8/8.1 Feature», «MSI Fast boot», «Fast boot». Все 3 «Disabled».
Считывание буфера АЦП на плате L-791 показало, что АЦП всё-таки работает. Но L791 не передает данные из буфера АЦП в память PC. Значит, проблема в режиме Bus Master.

Те счетчик басмастера не бежит? Регистр управления  вообще какие значения содержит? А если разрешить басмастер прямой записью?

> счетчик басмастера не бежит

Да. Пример test выдаёт «shared word 0 0».

> разрешить басмастер прямой записью

В test.cpp добавила: pp[I_ADC_MASTER_QNT_L791] = adcPar.t2.IrqStep*adcPar.t2.Pages-1;
printf("ADC_MASTER_QNT_L791=%08X,  ", pp[I_ADC_MASTER_QNT_L791]);
pp[I_CONTROL_L791] |= BIT_ADC_MASTER_EN;
printf("CONTROL_L791=%08X\n", pp[I_CONTROL_L791]);

Не помогло:
ADC_MASTER_QNT_L791=0001FFFF,  CONTROL_L791=00007003
shared word 0 0
... то же самое

Я бы предложил для эксперимента сделать холодную загрузку из под DOS и посмотреть, разрешается ли там bus master и все необходимые ресурсы PCI. Если тоже не разрешаются, то дело в самой материнской плате (BIOS обновлять, либо материнскую плату менять). Если разрешаются, то дело в ОС.

А если в Windows попробовать?