Мы пытаемся использовать цифровые выходы для получения тактовой частоты, но, судя по документации (и форуму) это дело безнадёжное, я правильно понимаю? И мы, максимум, можем расчитывать на крайне нестабильный сигнал с частотой в районе 1-2 кГц, да?

Да. Точнее сказать про этот выходной сигнал: "асинхронный". Т.е. строго периодического сигала с цифровых выходов Вы не получите. При этом, все запрограммированные переходы E20-10 стабильно (без пропусков) отработает.
А тактовую частоту, равную частоте преобразования АЦП, можно снять с выхода SYNC, если настроить E20-10 на режим "ведущий".

Да, спасибо, мы знаем, но нам надо, скажем, при 5Мгц преобразования тактовая 250-400кГц

Примените внешний 4-х разрядный двоичный счётчик, который разделит частоту 5 МГц на 16. Получите 312,5 кГц - идеальный меандр. 1 микросхема вместится  даже в кожух кабельной части разъёма, и питание +5 В есть там же...

Александр, спасибо!

Как раз думали об подобном решении!