Приложение, использующее обертку ltrModulesNet должно работать на Windows 7 64 бит. После компиляции AnyCPU, либо x64 ltrModulesNet "отказывается" работать с ltrapi.dll. Только если скомпилировать ltrModulesNet и приложение как x86 все работает, но получается что в режиме эмуляции. Есть ли 64 бит версия библиотеки ltrdll? Или подскажите как подружить 64 бит приложение на C# с ltrapi.dll

Ну не такая это эмуляция, x86 compatibility mode реализован аппаратно.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library … 85%29.aspx

Опять же ltrserver - x86 приложение.

Так что проще всего собрать как x86.
В принципе можно пересобрать ltrapi под AMD64 - мы же даем исходные тексты, они в библиотеке файлов. Только надо смотреть код на предмет совместимости - выравнивание структур, размер указателя и т.п.
А то можно и вообще интегрировать функциональность ltrapi в свою программу и коннектиться к ltrserver по TCP/IP.