есть около 8 сигналов с общей землёй и 4 диффиренциальных. можно ли запрограммировать опрос для нужных каналов в дифф режиме, а для остальных в режиме с общей землёй, или режим переключается сразу для всех каналов и тогда следует снимать по 2 кадра с разными режимами? сигналы медленно меняющиеся.

В L-791, а также в других АЦП (LTR11, L-780, E14-x40), технически  возможна такая настройка кадра, при которой часть каналов в кадре опрашивается  в дифференциальном (16-канальном) режиме, а другая часть  - в режиме с <<общей землёй>> (32-канальном режиме). Но вопросы здесь в другом: 1) Какую цель Вы преследуете, применяя подобный смешанный режим? 2) На сколько правильно сможете подключить данные Вам источники сигналов?
По вопросу 1). В статье http://www.lcard.ru/articles/11 объясняется, что дифференциальное всегда лучше однофазного (псевдодифференциального, с общей землёй). В случае L-791 имеется возможность подключения до 16-ти источников сигналов в дифференциальном режиме. Это фактически для пользователя означает, что думать о 32-канальном режиме подключения нужно тогда, когда общее количество каналов у Вас может быть  больше 16-ти.
По вопросу 2). Это можно рассмотреть, если сформулируете, какие конкретно у Вас источники сигналов (их выходные характеристики), и как далеко они расположены от АЦП.