Нужно снимать достаточно большое количество отсчетов ( несколько десятков тысяч) с АЦП E-440. Внешние прерывания системы приводят к возникновению артефактов. Возможно ли это исправить переходом на Linux?

А что за артефакты?

Как вы снимаете данные, какая частота, каков размер буфера?

Отсчёты в E-440 накапливаются во внутреннем FIFO-буфере и передаются в PC порциями, равными половине буфера. Теоретически, никакие прерывания в PC на сбор данных влиять не должны.

В Linux механизм сбора данных тот же, только обращения к устройству выполняются на уровне ядра.

Предлагаю Е-440 в аренду сроком от 1 до 6 мес.