Делаем синхронный ввод с синхронизацией по внутреннему каналу.
Текст программы такой:

InitStartLDevice(dev);
StartLDevice(dev);
while(*Sync < 3072) if(Terminated) break;
StopLDevice(dev);
memcpy(values, Data, 3072*sizeof(short));

сигнал синхронизации приходит каждые 25 мс. В результате (в среднем) 12 мс система ожидает (в цикле while). Нельзя ли от этого как-нибудь избавиться? 

Ну посмотрите пример L7XX.OSC или типа того - там однократный ввод ссобытием.