Можно ли хоть какими нибудь средствами заставить канал работать в неполярном режиме? в смысле что бы на весь положительный диапозон выделялось 12 а не 11 бит. Мы меряем довольно маленький (до 1В) слабоменяющися сигнал, и его хочется получить с максимально возможной точностью.

Просто надо грамотно выбрать входной диапазон у платы.Этого скорее всего будет достаточно.Ну и возможно смещение сигналу сделать постоянное.

Для смещение входного сигнала потребуется аппаратная доработка схемы подключения, которая может внести свой вклад в нестабильность характеристик.
В случае "слабоменяющегося" сигнала целесообразно попробовать увеличить разрядность просто за счет "oversampling and averaging".
См. http://www.lcard.ru/forumthreads/1567 и http://www.lcard.ru/forumthreads/813