Позволяет ли ЛКардовское матобеспечение работать с двумя USB АЦП одновременно хотя бы посредством запуска двух окон?

не совсем ясно что вы имеете в виду..........

1. если речь идет о лкардовских демонстрационных
программах, поставляемых на сидироме, то скорее
нет чем да, т.к. они написанны только с целью
продемонстрировать работоспособность модуля и
способ использования api-функций штатной библиотеки.

2. если речь идет именно о матобеспечение (dll-библиотека), то здесь нет никаких ограничений
со стороны собственно самого лкардовского софта.
здесь число модуле, с которыми можно одновременно работать, ограничивается только спецификацией USB
(реальная пропускная способнось шины USBv1.1 составляет ~900kByte/s)