В нашей задаче АЦП всегда работает в положительном диапазоне на частоте меньшей 1Мгц. .
В то же время хотелось бы использовать неиспользуемые старшие 5 бит каждого отсчета.
Значит ли это, что в соотв. месте LowFreqLoop я должна закомментарить корректировку кодов АЦП с использованием
ScaleFactor и  ZeroOffset?
И еще вопрос, если используется покадровая цифровая синхронизация регистрация отсчетов осуществляется также в LowFreqLoop?

Вопрос про ScaleFactor и ZeroOffset снимается.
Уточните только про возможность использования старших 5 разрядов отсчетов.

Да вроде бы при заданных условиях старшие 5 бит в отсчете можно спокойно использовать под свои нужды
При покадровой цифровой синхронизации регистрация отсчетов осуществляется в TtlKadrLowFreqLoop.