Поделитесь опытом работы в Matlab (как загружать данные в реальном масштабе времени с Е-440 и как управлять сбором данных)

Могу высказать лишь общие соображения:
сделать некую mex-функцию (dll-ка) в которой на обычном c++ вы будете работать с платой и копировать считанные с нее порции данных в матрицы матлаба (M = Lcard();). Как делать mex-функцию читайте в документации. Это общая идея.
Один из вариантов реализация обработки данных в реальном масштабе можно подсмотреть в стандартном пакете матлаба: data acquisition - примеры работы с sound card.