Здравствуйте. Хочу разобраться где ошибка.

Настроим один псевдодифференциальный канал АЦП.
DataStep = 2048 - число отсчетов для функции ReadData
asyncTimeoutMs = (DataStep /AdcParameters.AdcRate + T);
T=1000 мс
asyncTimeoutMs - как у вас в примере таймаут для функции WaitForSingleObject при ожидании заполнения буфера функцией ReadData

Так вот. При AdcParameters.AdcRate = от 0.366 кГц до 4 кГц
этот таймаут истекает. При T =2000мс таймаута хватает
, но данные поступают "рывками" с интервалом >1000мс. (почему не непрерывно?). На частотах >4кГц хватает уже T=1000мс, но "рывки" не проходят... На частотах >50кГц "рывки" становятся незаметными.

Вопрос. Дело в неисправности модуля или у вас тоже это повторяется?

При указанных Вами условиях сбора следует учитывать такой параметр как AdcFifoLength. Подробнее смотри в руководстве программиста п.1.5.6.4. "Установка параметров работы АЦП".
Также можно посмотреть следующие ссылки:
   www.lcard.ru/forumthreads/1128
   www.lcard.ru/forumthreads/875