Виталий,
спасибо за вдумчивое чтение руководства! В Руководстве пользователя, которое Вы читаете, описана низкоуровневая аппаратная архитектура LTR и низкоуровневые форматы данных и команд, которые приняты внутри крейта LTR, на уровне интерфейса крейта LTR, а также на уровне модуля LTR.
1. Действительно, компьютер обменивается с крейтом LTR 32-битными словами, в которых только 16-битное поле являются собственно данными (на ввод или на вывод), остальное - это индексная (адресная, вспомогательная) информация.
2. Совсем нет противоречия п.1 с тем, что сами модули LTR могут работать на ВНЕШНИЙ ввод или ВНЕШНИЙ вывод с 32-битными данными (как это в LTR43) или с 24-битными данными (как это в LTR212). Модули LTR довольно интеллектуальны, они имеют процессор или контроллер и/или ПЛИС, которые поддерживает протокол обмена данными, который позволяет им работать на внешний ввод или вывод с ЛЮБЫМ размером данных, который логичен для данного типа модуля - это же поддержано на уровне API-функций (см. Руководство программиста), которые скрывают внутренне представление данных в LTR и предоставляют программисту те форматы данных, с которыми ему будет удобно работать на верхнем программном уровне.
3. Если работать без программы LTR-сервер, не использовать API-функций, или если программировать LTR на уровне процессора крейта, то работать придётся на уровне внутренних протоколов крейта LTR.