Здравствуйте, если от платы не генерируются прерывания в PC, а послыке ФИФО-буфера(RESET FL2; NOP; NOP; SET FL2;), это значит, что плата никакие данные с буфера не посылает. Тоесть в выделенной памяти ПК под буфер начиная с адреса *data и до *data + fifo*irqstep*pages будут храниться произвольные данные, которые были в ПК?
И на сколько я заметил, переменная sync, без прерывания не меняется.

Скажите, как можно установить коэф. усиления для АЦП. в управляющей программе?

Просто сформируйте набор требуемых логических каналов и положите в управляющую таблицу.