Конфигурация платы происходит успешно, стартую без ошибок. Но счетчик отсчетов всегда равен нулю.
Здесь происходит зацикливание
while(synccd == 0)
{
GetSyncData(ref hObj, (UInt32)sync, 0, ref synccd);
}
Подскажите в чем может быть проблема.

Либо биос не тот загрузили,либо стоит синхронизация старта сбора и она не выполняется...

Спасибо, вы мне открыли глаза. А я один раз записал биос(думал во Flash) и закоментировал, оказывается эту процедуру нужно делать всегда.