нужно ли загружать BIOS в LC227-модули в крейте, если я использую Windows, а в Lsetup установил автоматическую загрузку драйверов в платы? Обеспечивается ли при этом автоматическая загрузка BIOS во все найденные в крейте LC-227?
На каком этапе Windows-программы пользователя происходит автоматическая загрузка BIOSов адаптера и контроллера, если в Lsetup это установлено?

Да, нужно. L-Setup не сделает этого за Вас.
Загрузка BIOS происходит, если указана автозагрузка, по первому вызову DLL.