1) Не удается изменить размер FIFO-буфера. Всегда выдает максимальное значение - 12288.
2) При потоковом вводе данных при свободном входе аналоговых каналов наблюдаются очень сильные шумы на выходе. Нормально ли это?

По вопросу 2). При неподключенном входе это нормально.
http://www.lcard.ru/support/faq/nc_inp_drift_adc
http://www.lcard.ru/support/faq/adc_and_sig_source

про фифо нужно подробней- что, где, когда.

Задаю новые параметры АЦП, затем считываю, чтобы узнать прошли установки или нет. В результате получаю, что размер буфера ФИФО остался максимальным 12288.

1. Если Вы используете библиотеку Lusbapi, то в описании функции SET_ADC_PARS() написано, что "использование модулем именно этой переданной информации начинается только после выполнения интерфейсной функции START_ADC()".  А функция GET_ADC_PARS() возвращает именно "текущую информацию, которая используется при сборе данных с АЦП". Т.о. функция GET_ADC_PARS() вернёт все истинные текущие параметры сбора данных (в том числе и длину FIFO буфера) только после выполнения функции START_ADC().
2. Если же Вы хотите убедиться в том, что Ваше значение длины FIFO буфера правильно передалось в модуль E14-440 (до выполнения START_ADC()), то можно просто прочитать содержимое ячейки L_ADC_FIFO_LENGTH_E440 в DSP модуля, используя функцию GET_LBIOS_WORD().

Большое спасибо всем за помощь!

Спасибо!
В моем "Руководстве программиста" этой информации не было.

Я использовал это руководство