Тут обе переменные были локальными...
Теперь непонятно другое.
Задаю

DWORD DataStep = 6400;

Каналов

ap.ChannelsQuantity = 0x2;

Управляющая таблица

ap.ControlTable[0]=2; //2-й канал, +-5В 
        ap.ControlTable[1]=3; //3-й канал, +-5В

В потоке записываю данные в файлы:
1)

			// запишем полученную порцию данных в файл
			if(!WriteFile( hFile,													// handle to file to write to
		    		       IoReq[RequestNumber^0x1].Buffer, // pointer to data to write to file
				       2*DataStep,	 		// number of bytes to write
	    			       &FileBytesWritten,		// pointer to number of bytes written
				       NULL 				// pointer to structure needed for overlapped I/O
				      ))
                        { ReadThreadErrorNumber = 0x4; break; }

2)

                        f_out=fopen ("out.prn","a");
                        for (j=0;j<2*DataStep;j=j+2) //2 канала по DataStep отсчетов
                        {
                           fprintf (f_out,"%d\t",j);
                           fprintf (f_out,"%d\t",(int)IoReq[RequestNumber^0x1].Buffer[j]);  //0,2,4,6...
                           fprintf (f_out,"%d\n",(int)IoReq[RequestNumber^0x1].Buffer[j+1]);//1,3,5,7...
                        }
                        fclose (f_out);

Первый кадр записывается в оба файла нормально.
Во время записи второго кадра сообщение об ошибке на строке записи

                           fprintf (f_out,"%d\t",(int)IoReq[RequestNumber^0x1].Buffer[j]);  //0,2,4,6...

Ошибка: access violation at 9x32665a50: read of adress 0xf87f100c.
В файл Test.dat записывается только первый кадр.
В файл out.prn записывается примерно полтора кадра, каждый запуск по-разному. То 10558 (из 12800), то 10582, то 10536, то 10550 значений.
Отладчик показывает, в момент ошибки
j=10634, а
IoReq[RequestNumber^0x1].Buffer[j]=???.
Если смотреть данные, которые успели записаться в out.prn, то второй  (неполный) кадр выглядит липой: скачки значений от 0 от 25000 и больше.
Где еще я некорректно мог использовать переменную, подскажите, пожалуйста?!?

Добавлю. Запись идет "рядом" с WriteFile-ом, то есть, как я полагаю, в том же потоке...

Прошу прощения, снимаю 18 пост: запись не шла из-за наличия kbhit!

Сделал в ReadData такую запись в файл (параллельно с

if(!WriteFile(	  hFile,													// handle to file to write to
		    			 IoReq[RequestNumber^0x1].Buffer, // pointer to data to write to file
					 2*DataStep,	 		  // number of bytes to write
	    				 &FileBytesWritten,		  // pointer to number of bytes written
					 NULL 				  // pointer to structure needed for overlapped I/O
							   )) { ReadThreadErrorNumber = 0x4; break; }

При этом счетчик на экране "Counter=...from.." не идет дальше 0.
В файл fp что-то постоянно записывается.
Куда копать, подскажите, пожалуйста!

Поправьте, пожалуйста,если ошибаюсь.
Планирую использовать дваканала, 2 и 3,
а) задаю
ap.ChannelsQuantity = 0x2;
б) устанавливаю первый логический номер канала для второго канала АЦП, диапазон +-5В (00000010):
ap.ControlTable[0]=1;
в) устанавливаю логический номер канала для третьего канала АЦП, диапазон +-5В (00000011):
ap.ControlTable[1]=3;
Верно?
Или нумерация каналов АЦП начинается с нуля и второй канал это 0000 0001, а третий 0000 0010?

Спасибо за пояснения,обязательно прочту.
Хотелось бы прояснить.
В этом же примере.
1. Если я хочу-таки записать результаты измерений по всем каналам в различные файлы с указателями fp1, fp2, fp3,fp4, то как мне переписать приведенную выше строчку:

for (i = 0; i < DataStep; i++)
    {
    fprintf(fp, "%d\n", (int)Buffer[i]);
    }

Где указать номер канала?

2. Могу ли я опрашивать только 2 и 3 канал, не опрашивая первый? Где указывать номер канала, если такой запрос возможен?
Заранее спасибо за помощь!

Спасибо!

именно fprintf, чтобы текстовым редактором удобно было смотреть данные

Спасибо за ответ!
Теперь ошибка:
[Linker Fatal Error] Fatal: Unable to open file 'RTL50.LIB'