В системе измерения используем 2 крейта LTR-EU-2. В каждом из них установлено по 2 модуля, используемые для сбора данных.
Подскажите пожалуйста, как синхронизировать модули?

Для синхронизации данных модулей разных крейтов можно использовать механизм синхрометок (см. пункт 4.7 руководства https://www.lcard.ru/download/ltr.pdf) и разъем SYNC крейтов (см рис. 3.6  в пункте 3.2.3 руководства). Необходимо соединить один из выходов DIGOUT этого разъема одного крейта с входом DIGIN другого (с учетом рекомендаций из пункта 3.6.9), после чего настроить один крейт на генерацию импульса по метке старт на соответствующем DIGOUT, а другой - на генерацию метки по сигналу на входе DIGIN. Потом запускаете сбор со всех моделей, подаете программную команду генерации метки на первом крейте, в результате она будет вставлена в потоки всех модулей обоих крейтов и по ней Вы сможет совместить данные с точностью до периода АЦП.

Если Вы сами пишите ПО, то использование функций библиотеки для синхронизации запуска описано в разделе 4.6 руководства ltrapi (https://www.lcard.ru/download/ltrapi.pdf). Для программы LMS этот режим описан в разделе 2.8 документа https://www.lcard.ru/download/lms_users_guide.pdf.