Уточните, пожалуйста:
- Подобные проблемы в первых трех слотах замечены с обоими модулями LTR27? Старый LTR27 там штатно работает?
- Сообщите серийные номера старого и нового LTR27.

Этот флаг влияет на передачу постоянной составляющей сигнала (термин см. https://www.lcard.ru/lexicon/dc_term ) в тракте преобразования АЦП.
Логика этого флага  объяснена в https://www.lcard.ru/download/ltr24api.pdf (п. 4.2.6) . "Отсечка постоянной составляющей" означает, что фильтр ВФЧ включен (AC = true).
Нужен ли Вам ФВЧ или нет - зависит от того, несёт ли при данных измерениях информацию постоянная составляющая сигнала? А, если не несёт, то мешает ли она при обработке сигнала (после АЦП)? Также, при включеннном ФВЧ может присутствовать переходный процесс, если постоянная составляющая входного сигнала АЦП меняется. Для случая классического тракта АЦП (без ФВЧ) поставьте AC = false.

Логика флага объяснена в  https://www.lcard.ru/download/ltr24api.pdf  (п.4.1.9).  Термин калибровка - см. https://www.lcard.ru/lexicon/calibration_gauging
Калибровочная процедура коррекции данных объяснена в   https://www.lcard.ru/download/ltr24api.pdf  (п. 3.3.2).
Очевидно, что для включения режима измерения, соответствующего заявленной точности измерения LTR24, необходимо установить  LTR24_PROC_FLAG_CALIBR = 0x00000001.

Простите, но множество программных ошибок и настроек, которые могут влиять на погрешность измерения, достаточно велико.
Для проверки правильности пользовательского ПО рекомендую воспользоваться тестовым ПО https://www.lcard.ru/support/faq/das_de … _test_soft
В то же время, неучёт физического смысла того, что делаете, может тоже повлиять на амплитуду. Например, переходный процесс, вызванный изменением постоянной составляющей (в случае настройки AC = true) может тоже повлиять на амплитуду (пока переходный процесс не закончится). С учётом того, что частота среза ФВЧ составляет 0,48 Гц, то переходный процесс вполне может продолжаться порядка 5-10 с (относительно момента изменения DC), в зависимости от условий в сигнале.

Здравствуйте. Предлагаю для начала разобраться с физическим смыслом того, что Вы делаете.

Я правильно понимаю (по форме сигнала), что подразумеватся модулированный по амплитуде радиоимпульс? Если да, то какой период несущей частоты и какая длительность этого радиоимпульса? Если радиоимпульс повторяющийся, то какой у него период модуляции?

"импульс 5 вольт"  - Здесь и далее по тексту: Вы измеряете максимальное амплитудное значение, максимальный размах, или RMS cигнала?

А что подключаете к Y и к AGND?

Если данная схема, как Вы пишете, раньше работала, а теперь нет, и все условия раньше были аналогичны, то возможные причины
- в отсутствии контакта в цепях AGND или Y (в каналах 2 или 3). Остальные цепи X и Y следует также проверить, на всякий случай.
Одна из вероятных причин - в неисправности кабельной вилки DB-37F, контакты которой со временем могли ослабиться и окислиться.
Это следует проверить прежде всего. Самое простое - прозвонить цепи кабеля и попробовать заменить кабельную вилку DB-37F на новую.
После проверки кабельной вилки, если эффект остался, следует канал 3 АЦП отключить от вашей схемы, подать в канал 3 АЦП сигнал от генератора с выходным сопротивлением не более 100 Ом и повторить аналогичные эксперименты. Если выяснится в экспериментах с генератором, что подобная помеха отсутствует во входной цепи канала 3 при опросе 1-2-3, то это означает, что AD620 в этом канале был либо неисправен, либо входил в режим возбуждения (от импульсного воздействия комутационного заряда аналогового коммутатора со стороны E-502).
Если же цепи разъёма и сам разъём - исправные, но подобная помеха присутствует в цепи генератора в канале 3 АЦП, то это, возможно, означает, что коммутатор E-502 неисправен.
В любом случае, это - только ориентировочные предположения, поскольку полной схемы подключения E-502 Вы не приводите.

Здравствуйте. Для анализа техподдержкой описанного эффекта не хватает следующих данных: 
1. Тип источников сигнала, в частности, электрические характеристики его выхода, выходное сопротивление. Приведите ссылку на документацию источника сигнала.
2. Схема подключения источников сигналов к E-502, включая схему подключения внешнего осциллографа. Укажите тип осциллографа. Укажите приблизительные длины используемых кабелей (проводов).
3. Приведите все установленные программные настройки Lgraph2, относящиеся к АЦП.
4. Выложите фото наблюдаемых помех (с привязкой к схемам подключения и настройкам АЦП)

Если "термопары будут как изолированные, так и неизолированные",  то для обеспечения корректной работы в этих (по сути, любых) вариантах подключения требуется поканальная гальваническая развязка со стороны АЦП. Это означает, что LTR114 не подойдут для этой задачи.
При использовании LTR27 следует учесть, что их метрологические характеристики нормированы только на частоте сбора данных 5 Гц. При настройке на бо'льшие частоты будет расти дисперсия значений отсчётов измерений (пропорционально установленной частоте). 
При работе в индустриальных условиях высоких электромагнитных полей ("в двух-трех метрах от крейта будет ДВС с искровым зажиганием соответственно будут высоковольтные источники - катушки зажигания и искрообразующие разрядные устройства - свечи зажигания") рекомендуется:
- использовать Ethernet;
- использовать экранированное подключение сигналов к крейту (достаточно общего экрана кабеля).

Здравствуйте.
По п.1. В зависимости от того, на сколько зон с выравненной температурой можно разделить места подключения холодного спая (ХС). В пределах одной зоны с выровненной температурой будет достаточно одного датчика температуры ХС, как это объяснено в https://www.lcard.ru/support/faq/adc_for_thermopair 
По п.2. Для отдельно взятой зоны с выравненной температурой ХС не имеет значения, от какого модуля LTR27 будут взяты каналы H-27T или H-27R для подключения датчиков в этой зоне.

Алексей, по возможности, ответьте, пожалуйста, на поставленный вопрос. С точки зрения обсуждаемых планов развития LTR35, это может оказаться важным.

Здравствуйте, Алексей.
По тексту постановки задачи уточните, пожалуйста:
1) "...функционал арифметического генератора, который бы выдавал количество...".
- Непонятно, куда (по какому интерфейсу) требуется выдавать это количество и в каком представлении?

2) "выданных к данному моменту времени"
- Начиная с какого момента времени?

3) "Такой функционал нужен для генерации строчной развёртки по двум координатам."
- Взаимосвязь этой задачи с вышесказанным пока не удаётся проследить... Желательны пояснения.

Здравствуйте, Дмитрий. Генератор периодического сигнала нельзя сделать на основе ЦАП модуля E20-10, поскольку этот ЦАП асинхронный.

Если необходимо достичь точность около ±1 °C, то без измерения температуры ХС не обойтись.
Также отмечу, что предложенная выше система позволит измерять изменение температуры с высокой динамикой,  поскольку ширина полосы частот пропускания тракта измерения на основе LP-04-M будет 50 кГц. Это позволит измерять температуру быстротекущих физических процессов.

В варианте 2) от GPS можно подключить (к второму каналу синхронизации LTR) второй синхросигнал с другой периодичностью, если такая возможность у блока GPS имеется.