ltrmodulesnet.dll лишь "обертка" над ltrapi, т.е., например, функция ProcessData из ltrmodulesnet.dll вызывает функцию LTR212_ProcessData из ltr212api.dll. Так что сама логика работы основных функций должна быть одинакова, независимо от того, вызываются они из  C или C#. И если не меняются параметры функций или поля структуры, то при изменении ltr212api.dll что-либо меняться в ltrmodulesnet.dll и не должно.

Что касается ошибки: Вы не пробовали проверять, всегда ли Recv возвращает то же значение, что и передано в параметре size. Если Recv не примет все данные за заданное время (параметр timeout), то в ProcessData может быть передано не целое число кадров, что приведет к смещению данных. В примере LabVIEW выход Recv не проверяется (более того, в качестве size в ProcessData передается константа, а не выход с Recv). Можно также попробовать сильно увеличить параметр timeout.
В LGraph2, если я не ошибаюсь, подобные ситуации отслеживаются (там вроде немного другая логика вызовов Recv/ProcessData).

Похоже на проблему выравнивания в структуре TLTR114. Попробуйте зайти в
Project - Options - Compiler.
В Record Field Aligment установите 4.
После этого на всякий случай лучше удалить все .dcu файлы, заново открыть проект и перекомпилировать